台灣國民黨和親民黨聯盟的總統候選人星期六(3月20日)宣布，感謝支持者的努力，呼吁冷靜理性地對待結果。
但他宣布，“國親聯盟將提出這次選舉無效之訴。”
他的支持者于是呼喊“無效！無效！”
連戰星期六(3月20日)在競選總部說，“輸贏不是我們要討論的問題，問題是如何對得起台灣父老的支持。”
他還說，這種結果是在疑云重重的結果下產生的。他指的是周五的槍擊案。
他說，因此，“這是一個不公平的選舉。”
連戰接著提出：“中央選舉委員會應該立即查封所有票柜，以便作將來檢驗的依據。”台灣各地有1萬多個票柜。
台灣民進黨競選總部此前說，總統陳水扁在此當選連任。
民進黨競選總部前已響起鞭炮，慶祝陳水扁又獲得四年任期。
現任總統陳水扁和國親聯盟的挑戰者連戰的得票數非常接近，點票過程中兩人都曾一度領先，有時兩人相差不到一萬張選票。
星期六(3月20日)的總統大選參選率很高，到投票結束時間，很多投票站外還排著長隊，台灣中央選舉委員會說，在(當地時間)下午4點前排上隊的選民將允許投票。
選舉委員會原來說最遲在當地時間晚上7點半(格林尼治標准時間1130)宣布誰獲勝當選下一屆總統，但清點延時，而在大約10點(格林尼治標准時間1400)宣布公投結果。
這次總統選舉競爭激烈，大選的結果將決定未來四年台灣與中國大陸的關系。
由于現任總統陳水扁和挑戰者連戰之間在競選期間不相上下，選民參選率很高，據報1650萬選民中有80%以上參加。
BBC中文網記者陳書敏從台北報導說， 投票工作結束之后，各投票所立即開始進行開票作業，首先開出總統選票，然后再開出公投選票。
連戰支持者作出激烈反應
投票過程
總統大選投票是在當地時間星期六（3月20日）早上8點開始的，並且就涉及與中國大陸關係的兩個議題舉行全民公決。
台灣現任總統陳水扁在昨天遭到槍擊之后，今天上午11點多在嚴密的保安護衛下前往台北市中心的一所學校投票站投票，陪同他前往投票的有他的妻子和子女。
保護陳水扁的保安人員手持自動武器，把陳水扁同支持他的人群分隔開來，步履緩慢的陳水扁在進入投票站前向他的支持者招手致意。
國親聯盟候選人連戰和宋楚瑜在周六一早就在家人的陪同下，前往投票所投票，台灣媒體在一旁拍照。
在這次的選舉當中，有部份選民因為不認同公民投票的合法性，因此拒領公投選票，有人在身上貼上“拒領公投票”的貼紙，向選務人員表達他不參加公投的意愿。
槍擊事件
就在投票開始前一天，台灣總統陳水扁和副總統呂秀蓮在台南參加競選時遭受槍擊，兩人都身負輕傷。一些評論人士認為，這一事件可能為民進黨陣營帶來同情選票。
但是也有人認為，槍擊事件在台灣政治歷史上沒有先例，目前無法預料選民的最終反應。
許多人認為，執政的民進黨同在野的國民黨和親民黨組成的聯盟在競選中旗鼓相當，很難在選舉前預料勝負結果。
BBC在台北的記者霍格說，陳水扁迫切需要贏得他的第二個任期，以向中國大陸表明，他是台灣的真正代表，而不是僥幸獲勝的政治力量。
引起爭議的公決
除了對中國大陸的政策之外，國民黨領袖連戰和民進黨領袖陳水扁之間在其他政策方面沒有什麼明顯的差異。陳水扁對中國一直保持挑戰性的姿態，而連戰則主張以建設性的努力建立同中國的關係。
陳水扁決定就安全以及是否同中國舉行和平談判等兩項議題舉行全民公決，引起中國當局的憤怒，北京認為這是台灣試圖走向獨立的第一步。
陳水扁對北京的挑戰姿態似乎增加了他的支持率。但這也是一個危險的策略，公投決定在國際間引起廣泛批評，其中一些嚴厲的批評來自台灣的關鍵盟友美國。
最高法院17日上午判決連宋所提2004年總統大選「當選無效之訴」上訴案「駁回上訴」， 全案定讞，不得再上訴、再審。國民黨主席連戰晚間發表書面聲明，對於這樣的結果，深感失望。連戰認為未來的歷史會對319槍擊案、公投綁大選、莫須有的國 安機制、選舉違法，以及這一次的司法審判，做出「最後的判決。」連戰相信「歷史必將還給我們最後的正義。」
連戰晚間以書面方式發表聲明，就最高法院駁回的觀點，分五點進行反駁，以下是連戰書面聲明的全文：
歷經一年餘的訴訟之後，最高法院今天罔顧民主原則與司法正義，為當選無效之訴劃上句點。我們認為，這不僅僅是一件司法審判，也不僅僅是司法正義的 問題，而是我們對正義、是非、善惡的判斷，最後的依據何在。這是影響歷史、政治、文化、教育、人性無比長遠的判決，如今竟出現這樣的結果，我們深感失望。
但我們更相信，未來的歷史會對319槍擊案、公投綁大選、莫須有的國安機制、選舉違法，以及這一次的司法審判，做出「最後的判決。」我們相信歷史必將還給我們最後的正義。
一、最高法院承認319槍擊案件疑點仍然很多，竟以結案時間為由，輕率結案。
最高法院今天當庭表示319槍擊案件仍有很多疑點，結案期限雖然為六個月，尚有疑點自可延長期間查明，而法院有職權調查的權力，卻以限於結案時間，必須結案為由，指稱上訴人無法證明319槍擊案確係陳水扁自導自演的情況下，只能判決駁回上訴。
因選舉訴訟法依法不得再審，日後如槍擊案件證明係自導自演，已永無救濟途徑。當人民控訴擁有所有國家資源的執政者濫權時，法院是人民唯一的依靠。但最高法院今日卻在319槍擊案件仍然疑點重重的情況下，以結案期限為由，輕率結案，關閉人民的救濟大門，顯然有愧其職責。
二、最高法院認為總統以「咨文」方式要求「公投與大選同時舉辦」，僅係建議性質，如有違法是中選會違法，非總統違法。
陳水扁以總統的身分，明知「公投綁大選」違法，竟以「咨文」方式，要求中選會辦理。而中選會也未開任何委員會，即「遵照」辦理，如此一唱一和的演 出，正足以證明執政者濫權，行政機關全力配合的「共犯」結構。如今，最高法院竟認為只有「中選會違法」，總統只是「說說」而已，不須負任何責任。相較於 「水門案」尼克森只是不配合調查交出錄音帶，即被迫下台。司法對掌權者顯然寬待，日後執政者的濫權必將更為明目張膽。
三、最高法院認為地下電台操弄選舉確實不應該，卻為陳水扁開脫責任。
高院並未傳訊任何地下電台相關人員，且319槍擊發生當日，全省綠營的地下電台均同時同步以「連宋聯合中共打阿扁」，惡意誣蔑連宋，就其動員規模 之大，口徑之一致，必為競選總部集體之行為，絕非單一個人之行為。最高法院在未經任何調查的情況下，就認為陳水扁不必為其競選團隊如此大規模的違法行為負 責，實在無法讓人信服。
四、死人也可投票、冒領選票者、在監服刑者，竟然也可以投票？
最高法院同意關於死人投票、簽章與姓名不符冒領選票者、在監服刑者亦投票者等所謂「潛在無效票」，也可在當選無效之訴中審理，並自行認定這些票數 僅有9454票。可笑的是，承辦本案的高院當初根本否定當選無效之訴可審理「潛在無效票」，因此從未進行調查這個部分，最高法院又是如何得出「潛在無效 票」有9454票？因而認此數量不到雙方的票數差距25563票。
五、民主國家之構成建立在分權之機制上。司法的目的除了定紛止爭之外最重要的在於制衡行政。司法不能枉顧正義而專為政治背書。最高法院對行政權的濫用一籌莫展，自喪司法制衡之天職：
最高法院認為國安機制是國防部本於職權的作為，即使有逾越必要之限度而限制軍人無法投票，亦是國防部的行為，並非當選人的行為。其邏輯與「公投綁大選是中選會的行為，非總統之行為」如出一轍。
現職總統是三軍統帥，國防部隸屬行政院，而行政院長又正是陳呂的競選總部主任委員。然而，最高法院刻意昧於這些大家都知道的事實，執意認為國防部 的行為與陳呂一點關係也沒有，如果這種邏輯可以成立，那麼，對於當權者的所有濫用國家資源行為，法院都必然沒有制衡的機會。所有國家機器為執政者個人服務 的濫權行為，都將是「各機關本於職權之行為」，對當選的效力無影響。試問：這符合權力分立的精神嗎？如果是這樣，我們還需要法院嗎？
法律可以有不一樣的詮釋方式，縱使今天最高法院所採的法律見解邏輯有多荒繆，只要法院是照著既定的遊戲規則來判決，即依照訴訟程序來審判，我們也 能接受。但是事實上從去年法院受理「選舉無效」及「當選無效」兩個訴訟開始，我們的律師在行使職權時就受到法院許多不當的限制及權利剝奪。
例如不准我們律師行使閱卷權----即不准閱選舉人名冊；只准許我們律師閱覽槍擊事件相關卷證，卻不准影印、抄錄或協同專業人士一同閱覽，形同考驗我們律師的記憶力，我們聲請調查的證據大多不准；反之，對方律師一聲請調查的證據，卻立刻調查。
試問，如果一個律師連行使職權的基本閱卷權都被剝奪，那律師又如何盡舉證責任，申張正義、公理？訴訟程序制定的目的，就是為了使法院經由這個程序 制度所產生的判決結果，是一個值得大家信賴的公平正義，如果法院的判決無視這個制度，法院判決最終的結論，都將不會取信於大眾。而這樣的結果，將使司法制 度，就此崩解！
