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空降時期：
李漢萍（1944.01.01∼1945.08.16）→馬師恭（1945.08.16∼1948.03.01）→張緒滋（1948.03.01∼1949.08.01）→ 黃超（1949.11.01∼1951.02.16）→陳麓華（1951.04.01∼1951.09.16）→顧葆裕（1952.10.10∼1955.02.01）→朱鴻選（1955.02.01∼1959.03.16）→俞伯音（1959.03.16∼1964.10.01）→張錦錕（1964.10.01∼1970.06.01）→姚佐治（1970.06.01∼1971.11.14）→齊信裕（1971.11.14∼1973.07.16）

特戰時期：
易瑾（1958.03.01特種部隊司令∼1963.03.16特種作戰指揮官∼1964.08.31）→夏超（1963.03.16特種部隊司令∼1964.08.31）→賈維錄（1964.09.01特種部隊司令∼1968.10.31）→郎世忠（1968.11.01特種部隊司令∼1969.12.31）→王永樹（1964.09.01特種作戰指揮官∼1968.02.05）→華心權（1968.02.06特種作戰指揮官∼1969.12.16特種作戰司令∼1970.05.31）→張錦錕（1970.06.01特種作戰司令∼1974.03.31）

空降特戰時期：
言百謙（1974.04.01∼1976.03.31）→陸少俠（1976.04.01∼1978.04.10）→廖明哲（1978.04.11∼1981.06.30）→黃鵬飛（1981.07.01∼1983.03.31）→王家吉（1983.04.01∼1983.06.15）→龍元偉（1983.06.16∼1984.09.15）→王政乾（1984.09.16∼1986.11.15）→楊學晏（1986.11.15∼1989.05.31）→陳鎮湘（1989.06.01∼1990.04.30）→鄧祖琳（1990.05.01∼1992.08.31）→吳紀陞（1992.09.01∼1993.10.31）→薛石民（1993.12.01∼1997.12.31）→賈輔義（1998.01.01∼1999.09.30）（航空特戰時期）（1999.10.01∼2000.07.31）→吳達澎（2000.08.01∼2002.02.28）→高喜沛（2002.03.01∼2004.12.31）→顏至成（2005.01.01∼2006.03.01改制航空特戰指揮官∼2006.07.31）→王國強（2006.08.01∼2009.01.31）→張怒潮（2009.02.01∼2011.02.28）→潘其岳（2011.03.01∼）